Родился 15 сентября 1950 года в городе Мурманск.
В 1973 году окончил Московский физико-технический институт по специальности инженер-физик.
Поступил на работу в Институт ядерных исследований АН СССР. Прошел путь от инженера до ведущего научного сотрудника. Доктор физико-математических наук (2006). Член Учёного совета Института ядерных исследований РАН (ИЯИ РАН).
За время работы в Институте занимался оптимизацией больших детекторов частиц для ускорителей и космических лучей путем численного моделирования, обрабатывал данные экспериментов, проводил численные исследования теоретико-полевых моделей. В последнее время занимался астрофизикой высоких энергий, в частности, рентгеновским излучением активных ядер галактик, гамма-всплесками, гамма-излучением блазаров. Предложил и исследовал совершенно новый механизм диссипации релятивистских потоков в гамма-излучении.
Научная работа Б. Е. Штерна получила широкую известность и признание в России и за рубежом. Имеет более 50 работ, опубликованных в ведущих реферируемых журналах с суммарным числом цитирований около тысячи. Неоднократно выступал с докладами на международных и научных конференциях.
Один из основателей и главный редактор популярной в научном сообществе газеты «Троицкий вариант». Организатор портала Scientific.ru — неофициального научного сетевого ресурса, руководитель проекта «Кто есть кто в российской науке», инициатор создания корпуса независимых научных экспертов.
Признание заслуг, награды:
Человек года (2011), Почётная грамота Главы города Троицк (2010), Памятная медаль «100 лет со дня рождения Л. Ф. Верещагина» (2009) «За профессионализм, самоотверженный труд на благо города Троицка, вклад в развитие научных исследований».
Автор книг:
«Прорыв за край мира» — Троицкий вариант, 2014. — 324 с.
«Ковчег 47. Либра» — Троицкий вариант, 2016. — 348 с.